Ha sido asesor económico de diversas instituciones, como la Bolsa de Comercio de Buenos Aires y la Cámara Argentina de Comercio. Fue profesor titular en la UBA en múltiples carreras y dirigió el Departamento de Doctorado en Economía en la UNLP. Durante 23 años, fue Rector de ESEADE, donde ahora es Profesor Emérito, y actualmente es profesor de Análisis Económico en UCEMA.

Benegas Lynch está vinculado a think tanks liberales argentinos y es miembro de la National Association of Scholars de Princeton y del Institut Turgot de Bruselas. También forma parte del Consejo Asesor de revistas académicas en Nueva York y Madrid. Ha recibido varios doctorados honoris causa de universidades tanto nacionales como extranjeras.